宁波市城市排水有限公司下设综合事务部、工程建设部、运营管理部、计划财务部和总工程师办公室五个职能部门，有江东北区污水处理厂、泵站运营分公司、南区污水处理厂、排水监测分中心和镇海区排水分公司五个下属单位。
综合事务部是处理、协调公司行政、党务工作的综合性职能部门。主要职责：负责公司的日常行政事务、思想政治工作，党员、干部管理，精神文明建设，人力资源开发管理，信息系统开发与管理，劳动工资管理、各种经济责任制的制定考核等。
工程建设部是公司排水工程建设管理的职能部门。主要职责：负责新建和扩建排水设施、世行贷款项目以及公司实施的其它项目的建设管理工作。
总工程师办公室是公司技术管理、排水项目前期管理的职能部门。主要职责：负责编制中长期技术发展规划，组织技术论证，对重大技术问题处理进行技术指导，交流技术信息，组织实施项目前期工作，技术攻关，推广“四新”技术，发挥项目的技术参谋作用，促进公司科技进步和创新。
运营管理部是公司生产运营和资产经营管理的职能部门。主要职责：负责排水工艺设备管理，生产调度管理，运营成本管理，确保城市安全正常排水。
计划财务部是公司计划统计、财务预算、财务管理的职能部门。主要职责：负责公司计划管理、统计管理、预算管理、财务核算管理，在公司经营过程中实施财务监督、协调和指导;行使对公司及二级核算单位财务会计工作全过程的管理权限。
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组织结构